Code
import pandas as pd3.1.1_analyze_enpact_SPrediXcan_results
Trim ensembl ids
Code
def trim_res(path):
trimmed_table = pd.read_csv(path)
print(trimmed_table)
trimmed_ids = trimmed_table['gene'].str.split(".", expand=True)[0]
print(trimmed_ids)
trimmed_table['gene'] = trimmed_ids
trimmed_table.to_csv(path.replace(".txt","_trimmed.txt"), index=False)Code
files_to_be_trimmed = [
"/beagle3/haky/users/saideep/projects/aracena_modeling/SPrediXcan/GTex_WB/AE_SPrediXcan_results_GTex_WB.txt",
"/beagle3/haky/users/saideep/projects/aracena_modeling/SPrediXcan/GTex_WB/T2D_SPrediXcan_results_GTex_WB.txt"
]
for file in files_to_be_trimmed:
trim_res(file) gene gene_name zscore effect_size pvalue \
0 ENSG00000174123.10 TLR10 11.924929 1.029376 8.775865e-33
1 ENSG00000197712.11 FAM114A1 -11.442801 -0.371936 2.554997e-30
2 ENSG00000142599.17 RERE 8.150775 0.233097 3.615995e-16
3 ENSG00000073584.18 SMARCE1 -8.109270 -0.341719 5.092481e-16
4 ENSG00000197728.9 RPS26 7.934350 0.042059 2.115998e-15
... ... ... ... ... ...
11724 ENSG00000272855.1 RP5-1102E8.3 NaN NaN NaN
11725 ENSG00000273001.1 RP11-118K6.3 NaN NaN NaN
11726 ENSG00000274419.6 TBC1D3D NaN NaN NaN
11727 ENSG00000275542.1 RP11-455O6.9 NaN NaN NaN
11728 ENSG00000282936.1 CTC-281F24.5 NaN NaN NaN
var_g pred_perf_r2 pred_perf_pval pred_perf_qval n_snps_used \
0 0.002384 NaN NaN NaN 2
1 0.017122 NaN NaN NaN 1
2 0.021327 NaN NaN NaN 1
3 0.009223 NaN NaN NaN 2
4 0.564268 NaN NaN NaN 1
... ... ... ... ... ...
11724 0.000000 NaN NaN NaN 1
11725 0.000000 NaN NaN NaN 1
11726 0.000000 NaN NaN NaN 1
11727 0.000000 NaN NaN NaN 1
11728 0.000000 NaN NaN NaN 1
n_snps_in_cov n_snps_in_model
0 2 2
1 1 1
2 1 1
3 2 2
4 1 1
... ... ...
11724 1 1
11725 1 1
11726 3 3
11727 1 1
11728 1 1
[11729 rows x 12 columns]
0 ENSG00000174123
1 ENSG00000197712
2 ENSG00000142599
3 ENSG00000073584
4 ENSG00000197728
...
11724 ENSG00000272855
11725 ENSG00000273001
11726 ENSG00000274419
11727 ENSG00000275542
11728 ENSG00000282936
Name: 0, Length: 11729, dtype: object
gene gene_name zscore effect_size pvalue \
0 ENSG00000183049.12 CAMK1D 17.497548 0.227352 1.495705e-68
1 ENSG00000187486.5 KCNJ11 12.803166 0.476858 1.573999e-37
2 ENSG00000109501.13 WFS1 12.264892 0.612237 1.397992e-34
3 ENSG00000109670.13 FBXW7 -10.910586 -0.618344 1.025931e-27
4 ENSG00000173517.10 PEAK1 10.661919 0.406150 1.533997e-26
... ... ... ... ... ...
11412 ENSG00000272855.1 RP5-1102E8.3 NaN NaN NaN
11413 ENSG00000273001.1 RP11-118K6.3 NaN NaN NaN
11414 ENSG00000274419.6 TBC1D3D NaN NaN NaN
11415 ENSG00000275542.1 RP11-455O6.9 NaN NaN NaN
11416 ENSG00000282936.1 CTC-281F24.5 NaN NaN NaN
var_g pred_perf_r2 pred_perf_pval pred_perf_qval n_snps_used \
0 0.059839 NaN NaN NaN 2
1 0.009284 NaN NaN NaN 1
2 0.006153 NaN NaN NaN 1
3 0.003702 NaN NaN NaN 2
4 0.009023 NaN NaN NaN 1
... ... ... ... ... ...
11412 0.000000 NaN NaN NaN 1
11413 0.000000 NaN NaN NaN 1
11414 0.000000 NaN NaN NaN 1
11415 0.000000 NaN NaN NaN 1
11416 0.000000 NaN NaN NaN 1
n_snps_in_cov n_snps_in_model
0 2 2
1 1 1
2 2 2
3 2 2
4 1 1
... ... ...
11412 1 1
11413 1 1
11414 3 3
11415 1 1
11416 1 1
[11417 rows x 12 columns]
0 ENSG00000183049
1 ENSG00000187486
2 ENSG00000109501
3 ENSG00000109670
4 ENSG00000173517
...
11412 ENSG00000272855
11413 ENSG00000273001
11414 ENSG00000274419
11415 ENSG00000275542
11416 ENSG00000282936
Name: 0, Length: 11417, dtype: object